少林派武功起源于古代嵩山少林寺，并因而得名。嵩山少林寺位于河南省登封县嵩山少室五乳峰下。它创建于南北朝时期北魏太和十九年（公元四九五年），是孝文帝为安置印度僧人跋陀前来嵩山落迹传教而建。 跋陀禅师主持少林寺后，四方学者闻风皆至，徒众数百。这样，大量的民间武术者都充当了少林寺的杂役。在跋陀主持少林寺时，就已经有一些会武术或其它技能的青少年子弟被剃度为少林寺小和尚了。象惠光和尚，十二岁时在洛阳城天街的井栏上反踢毽子，一口气能连续反踢五百次，跋陀感到很惊奇，就把他剃度为小和尚，作为自己的弟子。跋陀的弟子僧稠当小和尚时，体质羸弱，常受一些会武术的小和尚的戏弄，后来便发奋练武，居然练得拳捷骁武，体健身灵。跋陀禅师为创建少林寺，翻译佛经，传授佛法作出了巨大贡献，少林拳谱中还有跋陀传授方便铲和一路大刀的记载。

传说北魏孝明帝孝昌三年（公元五二七年），印度高僧达摩来到嵩山少林寺传授佛教的禅宗，面壁九年，静坐修心，被尊为中国佛教禅宗的初祖。当年达摩终日静坐，不免筋骨疲倦，又加上在深山老林，要防野兽和严寒酷暑的侵袭，在传经时，他发现好些弟子禅坐时间久了，昏昏欲睡，精神不振。为了驱倦、防兽、健身、护寺，达摩等人仿效中国古代劳动人民锻炼身体的各种动作，编成健身活动的“活身法”传授僧人，此即为“少林拳”的雏形。此外，达摩在空暇时间还练几手便用铲、棍、剑、杖等防盗护身的动作，后人称之为达摩铲、达摩杖、达摩剑，以后，他又吸取鸟、兽、虫、鱼飞翔、腾跃之姿，发展“活身法”，创造了一套动静结合的罗汉十八手。

达摩虽然创立了禅宗，却并非少林武术的创始人。事实上，少林武术是在长期的僧众习武中逐渐自发形成的。经过历代僧徒们长期演练、综合、充实、提高，逐步形成一套拳术，达百余种，武术上总称“少林拳”。其中起过重要作用的是元代少林派拳术大师白玉峰、觉远上人、李叟等人，他们精心研究少林拳法，注意拳法的整理和传授，将少林拳中的“罗汉十八手”发展为七十二手，以后又发展到一百七十三手，第一次系统地整理出一套少林拳法。 隋末唐初，少林寺方丈为了保护庙宇的安全，从寺僧中选出身强力壮、勇敢灵巧或善于拳击械斗者组织成一支专门队伍。最初，他们的任务是护寺，以后，寺僧参与了政治活动，寺养僧兵，形成武僧。开始了有组织的、严格的僧兵训练，操练棍棒。武僧们长年不断刻苦练习武艺，对少林武术的发发展提高起了很大的作用。

少林寺的不少文物是少林拳起源的历史见证，特别引人注目的是白衣殿内的“少林拳谱”壁画，描绘了当年少林寺和尚练拳习武的真实情景：宏伟的寺院，张灯结彩，三十个身著短装，精神奕奕的健壮武僧，分成十五对，在演练少林拳，拳打脚踢，栩栩如生。除了行拳图外，殿内还有寺僧演练器械、挥舞棍棒的壁画，南北两壁有少林武术的“锤谱”，画面突出两个武僧摆开对打的架势，冲拳、拨掌对练。千佛殿是当年少林寺的练功房，地堂上还有四十八个寺僧“站柱”的遗迹；只见砖铺的地面上留下两行直径约四、五十厘米的锅底状圆坑，一个个间隔约二米半，据说是众僧苦心学艺，两脚踏踩而成。反映了古代少林寺僧甘练少林派武功的真实史迹。

少林寺不少武僧在出家之前就精通武术，不少武艺高强的人士不满封建制度，看破红尘，削发为僧，成为僧兵队伍的骨干。少林寺还经常到各地邀请武林高手到寺传授拳法、棍法，发展少林派武功。五代十国时高僧福居特邀十八家著名武术家到少林寺演练三年，各取所长汇集成少林拳谱，明代抗倭名将俞大猷也曾到少林寺传授棍术，所以少林寺实际上成了一个有名的会武场所。少林寺博采百家，在吸收各武艺之长后，又逐步发展成为包括有马战、步战、轻功、气功、徒手以及各种器械等许多种套路的武术流派，发展充实成为少林派武功。 少林武技名显于世，始于隋末。武僧昙宗、志操、惠汤等十三人，技艺超群，应秦王李世民邀请，参加讨伐王世充战役。出师大捷，解救李世民，打败王世充，活捉王仁则。唐太宗登基后，重赏少林寺僧，赐少林寺大量庄田银两，扩建少林寺，准许少林寺成立僧兵队伍。昙宗被封为大将军，其余的人“时危聊作将，事定复为僧”。少林派武功，经受实际战斗的考验，拳艺更有发展，从此，开创了少林派武功的新时期。少林寺极盛时期，占地一万余亩、大殿十四座、房屋多达五千间、寺僧发展到二千余众，其中拥有武艺高强的僧兵五百多人。传说宋代的开国皇帝赵匡胤和民族英雄岳飞等人，也得过少林真传，赵匡胤喜爱拳术，传下太祖长拳，曾将他的拳书藏于少林寺。古代《少林拳术精义》一书说岳飞神力得自某高僧，高僧所授岳飞的神勇力法在反金卫国中功勋卓著。明朝少林寺小山和尚挂过三次帅印征边，朝庭为表彰他的功绩，在少林寺前建立旗杆和石狮。

明嘉靖年间，日本倭寇侵扰中国东南沿海一带，少林寺以月空为首的三十多个和尚应召组织一支僧兵队伍，开赴松江御倭抗敌，在战斗手持铁棒击杀倭寇甚多，后因寡不敌众，月空等三十多位和尚全都牺牲。现在少林寺碑林与塔林中的石刻上，仍有当年僧兵作战的记载。

除嵩山少林寺外，相传少林寺先后在中国各地建立了十几个分院。明代在福建九莲山又建立的一座少林寺，也以发展少林拳术著名，满清灭明后，不少爱国人士，不满外族统治，削发为僧投入少林寺，达宗和尚结交三山五岳英雄，创立佛教洪门，培育和发展洪门子弟，极力反清复明，南少林寺成为反清复明的大本营，后来由于叛徒告密，遭到清廷派兵镇压，寺院被清兵烧毁。 辛亥革命前后，少林寺武功进一步在民间发展，各地武馆林立，不少爱国志士为了推翻清朝统治学习少林派武功。当时武术往往被用来作为革命的实战手段，许多地主纷纷建立“大刀队”、“梭标队”，练武成风，在反清斗争中屡建奇功。

新中国成立后，许多省、市成立了武术协会和体校武术训练班，进一步推广和发展少林武术，少林派武功继承和发展中国少林武术遗产，并为国家培养了大批武术人材，在出国表演交流中，为国家赢得了荣誉。